幕府末年曾有一群以彰義隊為名而起義維新的志士想趁著薩摩、長州兩組勢力商議結合之際加以破壞，改變日本政治的走向。誰知彰義隊當年在「時雨瀧魅」的判斷錯誤下，造成眾多兄弟與好友高槻嚴達喪生，時雨心中一直無法忘卻這種罪惡感，又眼見明治政府的腐敗，決心再度起義，殊不知此舉完全中了某些陰謀人士的圈套。過去人稱人斬拔刀齋的「緋村劍心」便出面加以阻止，在比劃過劍法之後，時雨得知當年殺了好友嚴達的就是劍心，更加無法容忍，卻不知這種起義行為不但不能讓百姓安定，反而帶來更多的殺戮與流血事件。